งานกิจการนักเรียน เป็นภารกิจสำคัญอีกประการหนึ่งที่มุ่งเน้นให้ผู้เรียนมีอุปนิสัยและคุณลักษณะที่พึงประสงค์ตามวิสัยทัศน์ เป้าหมายและจุดเน้นในการจัดการศึกษาของโรงเรียน ตามปรัชญา “เป้าหมายสูงสุดของการศึกษา คือ การพัฒนาอุปนิสัย” และคำขวัญ “คุณธรรมนำปัญญา พลานามัยสมบูรณ์ เกื้อกูลสังคม” ให้นักเรียนเป็นบุคคลที่สมบูรณ์พร้อมทั้งร่างกาย อารมณ์ สังคม สติปัญญา จิตใจ จิตวิญญาณ และมีอุปนิสัยพีอาร์ซี อันเป็นอัตลักษณ์ของนักเรียนโรงเรียนปรินส์รอยแยลส์วิทยาลัย

การบริหารงานกิจการนักเรียนของโรงเรียนปรินส์รอยแลส์วิทยาลัย แบ่งเป็น 2 ส่วนคือ
ส่วนระดับการศึกษา มีหน้าที่ดูแลรับผิดชอบนักเรียนของระดับการศึกษา ได้แก่ ระดับปฐมวัย ระดับประถมศึกษา ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ประกอบด้วยงานระบบดูแลช่วยเหลือนักเรียน งานส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม งานส่งเสริมพฤติกรรมและระเบียวินัย งานปกครอง งานระดับชั้น งานสภานักเรียน และงานกิจกรรมอื่น ๆ 

กิจการนักเรียนส่วนกลาง มีหน้าที่สนับสนุน ส่งเสริม และจัดกิจกรรมเพื่อเสริมสร้างศักยภาพของผู้เรียนในทุกด้าน ตามความสามารถ (Capacities) ความถนัด (Aptitudes) ความสนใจ (Interests) หน่วยงานที่รับผิดชอบดูแลได้แก่

– สำนักงานวิชาการและกิจการนักเรียน
– งานจิตวิทยา การปรึกษาและการศึกษาพิเศษ
– งานส่งเสริมสวัสดิภาพนักเรียน
– งานเสริมสร้างทักษะชีวิตนักเรียนและสัมพันธ์ชุมชน
– งานส่งเสริมสุนทรียภาพผู้เรียน ด้านดนตรี / ด้านกีฬา / ด้านศิลปะการแสดง / ด้านศิลปะและการออกแบบ